西元1700多年,先民為求平安與心靈寄託,從大陸湄洲恭請媽祖聖尊至蕃薯寮(旗山舊稱)。地方人士參拜聖蹟靈驗,廣為相傳,並由許多當地百姓共同出資興建廟宇,於1824年落成,距今近200年歷史。
於廟宇內鑲有「奉憲」碑,碑文記述當時聚落消滅流棍事蹟,廟內壁有聚資重修碑兩座,是研究旗山發展史的珍貴史料。
終年香火鼎盛的旗山天后宮,是旗山地區僅存的清領時期廟宇,更是旗山人最重要的信仰中心。由於香火鼎盛,媽祖神像臉部早已被香煙薰得黝黑發亮。
廟內石雕樸實簡雅,木雕、銅塑則裝飾得華美多采,是遊客來旗山必去的景點之一。